update 4:

В разговоре о сносках вспомнился ещё один неосвещённый момент.
Речь пойдёт о комментариях, расположенных в конце книги, где указаны номера страниц, к которым они относятся.

1. Я разделяю документ ФР, выделяя отдельным файлом страницы с примечаниями.
Файл -- Разделить на несколько документов -- выделить нужные страницы и перетащить их в поле "новые документы" -- "Создать". При этом страницы из первого документа перейдут во второй.
2. Я пользуюсь клавиатурой, поэтому переключаюсь между документами при помощи "Alt+Tab", но можно и разместить оба документа рядом, если позволяет монитор.
3. Ищем первую страницу, к которой относится комментарий (если удалено не слишком много пустых страниц, то её номер в документе ФР если и не совпадает с номером в книге, то находится довольно близко; переход на нужную страницу в ФР возможен при помощи "Ctrl+G").
4. Находим нужное место и вставляем в фигурные скобки текст комментария (о том, должны ли быть они оформлены как сноски или как комментарии поговорим в другом месте), вырезая (а не копируя) его из второго, вновь созданного документа.
5. Повторяем необходимое число раз.

Второй документ оказывается пустым, закрываем, не сохраняя (если не нужны перерывы в работе). В первом (основном) сохранены все комментарии.
Кому удаление страниц с комментариями кажется слишком рискованным, можно создать второй документ ФР, открывая только страницы с комментариями.

Я предпочитаю этот способ, поскольку:
а) при этом опять-таки экспортируются все варианты форматирования;
б) легко искать место, к которому относятся комментарии, поскольку ФР отображает номера страниц;
в) в ФБЕ такие комментарии обрабатываются одним кликом.

Личные настройки

ФР имеет довольно гибкие настройки интерфейса. На примере выбранных мною расскажу, как это можно сделать.

1. Есть 3 основных рабочих окна: "Изображение", "Крупный план", "Текст" и одно вспомогательное "Страницы". Я работаю с "Крупным планом" и "Текстом", а слева идут страницы.

Настройки

Выглядит это так:

Окна в ФР

Стрелками указаны: масштаб окна "Крупный план", "спрятанное" окно "Изображение", а также "спрятанные свойства текста".
Свойства текста понадобятся, если текст распознался на цветном фоне цветными же буквами (там же можно исправить стиль, курсив, жирность, размер, но удобнее это делать иначе - опишу ниже). Как правило, "свойства текста" можно скрыть, чтобы максимально использовать площадь монитора.

2. Есть 2 панели - "Главная панель" и "Панель быстрого доступа". Кроме того, можно настроить панель для окон "Изображение" и "Текст".

Панели

Панели (вар. 2)

"Панель предупреждений" открывает внизу экрана специальное поле. Я ею не пользуюсь, поскольку она занимает площадь, а предупреждения ФР даёт в отдельном окне в любом случае.

Нажимаем "Настройка панелей и горячих клавиш".

Сначала настроим панели.
Слева в "Категории" для более удобного поиска (поскольку возможностей довольно много) можно выбрать нужный раздел. Я рекомендую просмотреть весь список ("Все команды").

Команды повторяют те, которые содержатся в Главной панели. Поэтому есть возможность отключить Главную панель, а на Панель быстрого доступа вынести нужные вам команды. Дело предпочтений.
Для удобства я группирую иконки, ставя между ними разделитель.
Моя панель быстрого доступа выглядит так:

Слева направо:
- выбор языка распознавания
- показать (убрать) окно "Страницы"
- показать (убрать) окно "Текст"
- показать оба окна ("Изображение" и "Текст")
- повернуть изображение влево
- повернуть изображение вправо
- повернуть изображение на 180°
- ластик
- перенумеровать области
- распознать выделенные страницы (в Главной панели - распознать документ, т. е. все страницы)
- сохранить как fb2

Слева направо:
- проверка орфографии
- просмотр словарей
- вставить символ
- выделять неуверенно распознанные символы и несловарные слова
- непечатаемые символы

Пользуюсь обычно только последними тремя.

Повторюсь: настройки - дело предпочтений, каждый может (должен) настроить так, как удобно ему.

Закладка сочетания клавиш понятна интуитивно. Я предпочитаю работать с ними, поэтому основные действия "положила" на "горячие" клавиши". Если вам удобнее работать с мышкой, вынесите иконки на соответствующие панели.

Пару общих сведений.

Для редактирования стилей:

Редактор стилей

Выбор вида текста (я работаю с редактируемой копией, иногда проверяя порядок областей с помощью форматированного текста)

Выбор вида текста

Показать/скрыть картинки и колонтитулы можно при помощи этих кнопок:

Картинки/колонтитулы

Больше (пока?) ничего на ум не приходит. Если нужно что-то уточнить, спрашивайте. :)

Мелочи и детали

Сюда буду добавлять пункты по мере того, как они будут вспоминаться. ;)

1. В текстах, где есть пустые строки, часто бывает так, что пустая строка попадает на конец страницы. Отмечают это место по-разному.
- отбивают "звёздочками" * * * на следующей странице: легко увидеть (хотя иногда попадает в колонтитул), важно только не забыть заменить их на пустую строку (при этом нужно быть внимательным - а вдруг это действительно subtitle?)
- абзац на другой странице начинается без отступа: поскольку чаще всего такие места означают разрыв абзаца (который, напомню, я помечаю ###), то нужно вернуться на предыдущую страницу и посмотреть, где кончается последняя строка. Если она не полная, то это наверняка предполагает пустую строку в конце страницы, если полная - надо только читать, чтобы решить, разрыв ли это абзаца или другая сцена в действии романа, которая отделена пустой строкой.
- внизу страницы ставят черту ___: самый "незаметный" способ. Нужно обращать внимание на страницы, последняя фраза на которых заканчивается точкой (вопросительным/восклицательным знаком). В этом случае рекомендую не полениться и после распознавания ещё раз пролистать книгу (Alt+Down/стрелка вниз). Я уменьшаю масштаб страницы "Крупный план" так, чтобы она полностью помещалась на экране и, листая, смотрю только на низ страницы. Книгу в 500 страниц можно пролистать менее чем за 2 минуты. Окупает себя почти всегда. Сегодня таким образом я нашла две пропущенные пустые строки.

Самое главное - определить с самого начала, каким способом верстальщик отмечает пустую строку в конце страницы. Поэтому первые 10-20 страниц надо быть особо внимательной - потом уже знаешь, на что надо обращать внимание.

2. Если вы пользуетесь способом переноса текста сноски к слову (в фигурных скобках), не забудьте удалить области сносок или их номера, если текст сноски распознался не отдельной областью, а вместе с текстом. Иначе при экспорте в fb2 образуются ложные сноски - часто пустые, которые придётся удалять.

3. Выше я писала, что при просматривании документа отмечаю имена собственные, подчёркнутые как ошибка, - "пропустить все". Это помогает, кстати, найти ошибки в печатном экземпляре, где они нередко случаются - перепутанные буквы, пропущенные буквы, неправильные буквы, особенно в сложных по написанию фамилиях.
Некоторые общеупотребительные имена и названия имеет смысл внести в словарь.

Но я не вношу в словарь, например, такие слова как "сандвич" и "сэндвич" - в разных книгах предпочитаются разные формы.
Если внести обе формы в словарь, то останется вероятность, что в одной и той же книге встретятся обе формы. А если первую встретившуюся отметить как "пропустить все", то можно соблюсти единообразие написания во всей книге, поскольку вторая форма останется подчёркнутой.
Аналогично с именами "Давид" и "Дэвид" и многими другими именами собственными.

4. Как правильно заметил alexej36, ФР иногда "промахивается" с определением "назначения текста": бывает, что номер страницы или колонтитул распознаны как "основной текст", а заголовок как "колонтитул".
В первом случае достаточно удалить ненужные области в окне "Крупный план".
Во втором может помочь изменение назначения текста (ПКМ на нужную область) на "основной текст". А может и не помочь - иногда заголовок распознаётся как один из стилей "основной текст". Изменения стиля вручную не гарантирует, что при экспорте заголовок будет сделан правильно. Если заголовки имеют общий элемент, проблема решается просто - при помощи скрипта ФБЕ "Разбить документы на разделы". Если же все заголовки уникальны, то пропущенные придётся размечать вручную.
Поэтому для тех заголовков, которые не распознались в стиле заголовок можно сделать следующее:
- если в тексте нет других мест, выделенных болдом, придать им полужирность (форматирование, сделанное вручную, в отличие от стилей при экспорте сохраняется); в ФБЕ при помощи скрипта "Поиск форматирования -- Переход на следующую жирность" такие места легко находятся;
- снова использовать служебные знаки: тот же ### с пометкой title, например, или любой другой, который будет легко искать в ФБЕ;
- комбинированный вариант из первого и второго: перед каждым таким заголовком проставить title. В ФБЕ разметить заголовки при помощи скрипта, а затем убрать массовой заменой слово title (но НЕ в режиме Source, конечно).

Скрипт "Разбить документы на разделы" работает на основании регэкспов. Поэтому при наличии общего элемента работать с ним очень легко.