Макарий родился около 300 года в Нижнем Египте в селении Птинапор. В раннем возрасте по желанию родителей вступил в брак, но рано овдовел. После смерти жены Макарий углубился в изучение Священного Писания. Похоронив родителей Макарий удалился в ближайшую к селению пустыню и стал послушником при проживавшем там старце-отшельнике. Проезжавший через Птинапор местный епископ рукоположил Макария в одного из младших клириков местной церкви, однако Макарий, тяготившийся полученным саном, оставил селение и удалился в полном одиночестве в пустыню.
Прожив несколько лет в одиночестве в Фаранской пустыне Макарий пошёл к Антонию Великому и стал его учеником, прожив долгое время в основанном им монастыре в Фивадской пустыне. По совету Антония Макарий удалился в Скитскую пустыню. По словам Димитрия Ростовского в ней Макарий так просиял подвигами и столь преуспел в иноческой жизни, что превосходил многих братий и получил от них название «юноша-старец», так как, несмотря на молодость свою, обнаружил вполне старческую жизнь.
Кафоликон монастыря Макария Великого (Египет)
В 40 лет Макарий был посвящён в сан священника и поставлен настоятелем иноков, живших в Скитской пустыне. В этом же возрасте, согласно церковному преданию, он получил дар чудотворения и прославился многими чудесами, включая воскрешение умерших. Так, по преданию, святой воскресил мёртвого, чтобы убедить еретика, отрицающего возможность воскрешения. Из более поздних свидетельств о жизни Макария известно, что он мог так взывать к умершим, что те могли говорить вслух. Известен случай, когда мёртвый свидетельствовал для оправдания невиновного, другой умерший рассказал, где спрятаны вещи, что избавило его семью от рабства. Около 360 года Макарий основал в Нитрийской пустыне монастырь, получивший впоследствии название — монастырь Макария Великого.
Макарий Великий вместе с Макарием Александрийским пострадал в период правления императора-арианина Валента. Их сослали на пустынный остров, населённый язычниками, но, согласно преданию, через исцеление дочери жреца, Макарий обратил жителей острова в христианство. После того как об этом стало известно арианскому епископу, отправившему Макария в ссылку, он разрешил обоим старцам вернуться в свои пустыни.
Скончался Макарий в 391 году, в основанном им монастыре. Чудеса и видения Макария были описаны пресвитером Руфином, а житие составил преподобный Серапион, епископ Тмунтский. Мощи Макария Великого находятся в Италии, в городе Амальфи и в Египте в монастыре Макария