Входной буфер POST-запроса в nginx и php по-моему можно совершенно спокойно увеличивать. На скорость и ресурсы не влияет особо. У меня вообще 100 мегов стоит, чтобы видео могли закачивать. В этом плане у FTP преимущество только по траффику кажется в полтора раза (но кого это сейчас волнует?) и то что прогресс закачки показывает (на http для этого надо неслабо поизголяться с аяксом).