Ну так прописывать в сериях как серии так и надсерии. Благо, нет ограничения числа серий в FB2.
В примере http://lib.rus.ec/s/60600 и http://lib.rus.ec/s/67669.
Можно по примеру Стар Трека прописывать для родоначальника серии и издательской серии в серии - Original Series. Фанфики и ко уже будут отделяться.

Настаиваете на необходимости межавторской серии или цикла (можно и так назвать) , как отдельной группы книг? - Так и отражайте это в описании серии. Но никак в НАЗВАНИИ серии, которая (класификация или систематизация, как и само слово "межавторская") никак не должна отражаться и не отражаетсяв пересобираемом ФБ2. Правильная систематизация не может быть отражена в ФБ2-формате в силу самого формата файла.
Никаких неудобства для правильной систематизации - все прозрачно и работает в один клик на серии (тот же S-T-I-K-S), после чего и коню видно и понятно, что S-T-I-K-S многоавторская серия и в данном случае состоит как из авторских подсерий, так и из единичных авторских книг, относящихся к серии. Вам этого не видно? Почему?
Главное, что бы эта серия отображалась у автора. А есть серии Мир «Эпохи мёртвых» или Земля лишних. Мир Андрея Круза, которые почему-то не везде и не всегда отображаются у того или иного автора.
Или вот серия Золотой Талисман. Какой же он "многоавторский", если основной автор один Орловский, а остальные - соавторы и то в половине книг. Обозвали бы уже "соавторским", ибо вариантов многоавторских серий, где авторов > одного - вагон и маленькая тележка, в результате чего правильной систематизации как нет, так и не будет, ибо чётких критериев нет. Вот надо бы с критериев и начать. Межавторские, многоавторские, мультиавторские, соавторские, двуавторские и проч.